Во второй половине 90-х годов XX века и начале 2000-х выступление команды в элите российского футбола время от времени прерывалось вылетами в Первый дивизион.

В 1997 «Шинник» занял рекордное для себя 4 место в Высшей лиге и получил право представлять страну на европейской арене. Команда принимал участие в Кубке Интертото УЕФА. Клуб начал выступление со второго раунда: сразу же был обыгран финский ТПС, а в третьем раунде «Шинник» потерпел поражение от испанской «Валенсии» по сумме двух встреч, несмотря на домашнюю победу со счетом 1-0.

1999 год ознаменовался вылетом команды в Первый дивизион. В Премьер-Лигу «Шинник» вернулся в 2002 году, на протяжении нескольких лет чёрно-синие показывали стабильный результат с 5 по 9 места.

Наиболее успешным для команды стал 2004: клуб вновь получилправо участвовать в Кубке Интертото. На этот раз было принято решение выставить дублирующий состав, который успешно обыграл чешский «Теплице», однако в следующем круге победа осталась за «Лейрией» из Португалии. А в Кубке России «Шинник» дошёл до 1/2, где потерпел поражение от грозненского «Терека».

В сезоне 2006 года команда допустила «осечку» и покинула Премьер-Лигу. Но уже в следующем году под руководством молодого тренера Сергея Юрана «Шинник» уверенно победил в Первом дивизионе и вернулся в Премьер-Лигу. Возвращение оказалось не долгим: в следующем же году клуб вылетел обратно в Первый дивизион.

В Первенстве Футбольной Национальной Лиги 2011/2012 ярославцы боролись за попадание в РФПЛ, но в переходных матчах уступили команде «Ростов» 0-3 и 0-1.

Прошлый сезон 2012/2013 команда из Ярославля закончила на 11 месте, опередив Салют на 4 очка.

Достижения:

Квалификационный раунд Кубке Интертото УЕФА (1997, 2004);

Полуфиналист Кубка Премьер-Лиги (2003);

Полуфиналист Кубка России (2003/04);

Финалист Кубка ФНЛ (2012).

Статистика игра против «Салюта»:

Между собой команды встречались 8 раз в рамках Первого дивизиона. ФК «Шинник» выиграл 4 матча, ФК «Салют» одержал победу в одной игре, 3 встречи закончились с ничейным результатом. На счету чёрно-синих 11 мячей, «белгородцы» забили 7.

Так же команды один раз встречались в рамках Кубка России (2008/2009), тогда победу в гостях одержали ярославцы со счётом 0-1.

Последние игры:

10.05.2010. «Шинник» – «Салют» – 1-1.

11.09.2010. «Салют» – «Шинник» – 0-0.